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賽默飛QS12k型實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀如何使用

更新時(shí)間:2025-02-06點(diǎn)擊次數(shù):118

賽默飛QS12k型實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀(Applied Biosystems QuantStudio 12K Flex Real-Time PCR System)是賽默飛公司推出的一款高通量、高靈敏度的實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀器,廣泛應(yīng)用于基因表達(dá)、基因分型、突變檢測以及病原檢測等分子生物學(xué)研究領(lǐng)域。以下是關(guān)于如何使用該儀器的詳細(xì)步驟和注意事項(xiàng)。

1. 設(shè)備概述

QuantStudio 12K Flex PCR儀具備以下特點(diǎn):

  • 高通量支持:支持12,000個(gè)樣品的實(shí)時(shí)PCR分析,適用于大規(guī)模數(shù)據(jù)采集。

  • 多通道熒光檢測:儀器支持最多6個(gè)熒光通道,可同時(shí)進(jìn)行多重PCR反應(yīng),適用于多種熒光染料的檢測。

  • 靈活的實(shí)驗(yàn)設(shè)置:支持多種實(shí)驗(yàn)格式,包括96孔板、384孔板,滿足不同實(shí)驗(yàn)需求。

  • 高精度熱循環(huán)系統(tǒng):精準(zhǔn)的溫控系統(tǒng)和均勻的溫度分布,確保PCR反應(yīng)的一致性和可靠性。

2. 實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備

2.1 安裝與檢查

在開始使用QuantStudio 12K Flex PCR儀之前,需要確保設(shè)備已正確安裝并連接好所有必需的外部設(shè)備,包括電源、計(jì)算機(jī)(如果使用外部軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析)、網(wǎng)絡(luò)連接等。

  • 位置選擇:選擇一個(gè)穩(wěn)定的環(huán)境,避免設(shè)備受到電磁干擾、震動(dòng)和溫度波動(dòng)。

  • 儀器檢查:打開設(shè)備電源后,進(jìn)行自檢,確保設(shè)備的硬件系統(tǒng)(如溫控系統(tǒng)、熒光檢測系統(tǒng)等)運(yùn)行正常。

2.2 樣品和試劑準(zhǔn)備

  • DNA模板:根據(jù)實(shí)驗(yàn)的目的準(zhǔn)備DNA模板。確保模板的純度和濃度適合定量PCR實(shí)驗(yàn)。

  • 引物和探針:根據(jù)實(shí)驗(yàn)的需求,設(shè)計(jì)和準(zhǔn)備適合的引物和探針??梢允褂肨aqMan探針或者SYBR Green染料等。

  • PCR反應(yīng)體系:通常包括DNA模板、引物、探針、熒光染料、PCR緩沖液、dNTPs、DNA聚合酶等。

配制PCR反應(yīng)液時(shí),應(yīng)根據(jù)所使用的試劑盒的說明書或具體實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),確保反應(yīng)體系的準(zhǔn)確性。

2.3 樣品加載

將PCR反應(yīng)混合物和模板加載到PCR板中,通常使用96孔板或384孔板。加載樣品時(shí),應(yīng)避免產(chǎn)生氣泡,確保每個(gè)孔中反應(yīng)液的體積一致。

3. 設(shè)置實(shí)驗(yàn)程序

3.1 創(chuàng)建新實(shí)驗(yàn)

打開QuantStudio 12K Flex PCR儀的觸摸屏界面或通過計(jì)算機(jī)進(jìn)行操作,選擇“新建實(shí)驗(yàn)"并進(jìn)入實(shí)驗(yàn)設(shè)置界面。

  • 選擇反應(yīng)板類型:選擇96孔板、384孔板或其他適合實(shí)驗(yàn)需求的板型。

  • 選擇熒光染料/探針:根據(jù)所使用的實(shí)驗(yàn)體系,選擇適合的熒光通道和染料類型(如SYBR Green、TaqMan探針等)。QS12K支持最多6個(gè)熒光通道,因此可以進(jìn)行多重PCR實(shí)驗(yàn)。

3.2 設(shè)置熱循環(huán)程序

  • 熱啟動(dòng):根據(jù)所用的DNA聚合酶和試劑的要求,設(shè)置熱啟動(dòng)步驟。通常在反應(yīng)的初期進(jìn)行熱啟動(dòng),以確保DNA聚合酶激活并減少非特異性擴(kuò)增。

  • 擴(kuò)增程序:設(shè)置合適的PCR擴(kuò)增循環(huán)程序,通常包括:

    • 變性步驟:通常在95°C下進(jìn)行約15秒,目的是分開DNA雙鏈。

    • 退火步驟:根據(jù)引物的退火溫度(Tm值)設(shè)置退火溫度,通常在55-65°C范圍內(nèi),持續(xù)20-30秒。

    • 延伸步驟:在72°C下進(jìn)行,通常每個(gè)循環(huán)延伸時(shí)間為30秒到1分鐘,具體時(shí)間取決于擴(kuò)增片段的大小。

3.3 數(shù)據(jù)采集

在每個(gè)擴(kuò)增循環(huán)的延伸階段或退火階段結(jié)束時(shí)進(jìn)行熒光數(shù)據(jù)采集。設(shè)置合適的熒光檢測時(shí)間點(diǎn),確保信號(hào)的準(zhǔn)確捕捉。

3.4 啟動(dòng)實(shí)驗(yàn)

完成所有設(shè)置后,確認(rèn)無誤后點(diǎn)擊“開始實(shí)驗(yàn)"按鈕,啟動(dòng)實(shí)時(shí)PCR實(shí)驗(yàn)。

4. 實(shí)驗(yàn)過程中監(jiān)測

在實(shí)驗(yàn)進(jìn)行過程中,QuantStudio 12K Flex PCR儀會(huì)實(shí)時(shí)顯示PCR擴(kuò)增曲線、熒光信號(hào)強(qiáng)度變化等數(shù)據(jù)。用戶可以通過設(shè)備的顯示界面實(shí)時(shí)監(jiān)控實(shí)驗(yàn)進(jìn)度。

  • 擴(kuò)增曲線:隨著PCR反應(yīng)的進(jìn)行,熒光信號(hào)會(huì)逐漸增強(qiáng),用戶可以看到擴(kuò)增曲線的變化。在適當(dāng)?shù)臅r(shí)間點(diǎn),熒光信號(hào)超過背景信號(hào)時(shí),稱為“閾值周期"(Ct值)。Ct值的大小與初始模板的數(shù)量成反比。

  • 反應(yīng)板監(jiān)控:如果使用多孔板,可以查看每個(gè)孔的實(shí)時(shí)擴(kuò)增曲線,方便了解每個(gè)樣品的反應(yīng)情況。

5. 數(shù)據(jù)分析與結(jié)果

5.1 Ct值的確定

通過實(shí)時(shí)熒光信號(hào)的監(jiān)測,可以獲得每個(gè)樣品的Ct值。Ct值代表熒光信號(hào)達(dá)到閾值時(shí)的循環(huán)數(shù),是反應(yīng)效率的一個(gè)重要指標(biāo)。

  • 低Ct值表示樣品中目標(biāo)DNA的初始量較高。

  • 高Ct值表示樣品中目標(biāo)DNA的初始量較低。

5.2 數(shù)據(jù)導(dǎo)出與分析

完成實(shí)驗(yàn)后,用戶可以通過設(shè)備的分析軟件導(dǎo)出數(shù)據(jù)并生成實(shí)驗(yàn)報(bào)告。QuantStudio 12K Flex PCR儀支持多種數(shù)據(jù)分析功能,如:

  • 標(biāo)準(zhǔn)曲線分析:根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)品的Ct值與已知濃度構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)曲線,計(jì)算樣品中目標(biāo)基因的拷貝數(shù)。

  • 相對定量分析:使用2-ΔΔCt方法進(jìn)行相對定量分析,比較不同樣本間目標(biāo)基因的表達(dá)量。

  • 多重PCR分析:如果進(jìn)行多重PCR實(shí)驗(yàn),可以同時(shí)分析多個(gè)目標(biāo)基因的表達(dá)或檢測多個(gè)突變。

5.3 報(bào)告生成

分析完畢后,用戶可以生成實(shí)驗(yàn)報(bào)告,報(bào)告包括各個(gè)樣品的Ct值、擴(kuò)增曲線、標(biāo)準(zhǔn)曲線、相對定量數(shù)據(jù)等內(nèi)容。

6. 注意事項(xiàng)與故障排除

6.1 常見問題

  • 擴(kuò)增失敗或Ct值異常高:可能由于模板DNA濃度過低、引物設(shè)計(jì)不當(dāng)、PCR反應(yīng)體系問題等導(dǎo)致。檢查樣品質(zhì)量和反應(yīng)體系,必要時(shí)優(yōu)化引物設(shè)計(jì)。

  • 非特異性擴(kuò)增:出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增可能是由于引物退火溫度設(shè)置不合適??梢酝ㄟ^提高退火溫度來提高特異性。

  • 熒光信號(hào)不穩(wěn)定:檢查熒光染料的濃度是否合適,避免反應(yīng)液中有氣泡,氣泡可能導(dǎo)致信號(hào)的偏差。

6.2 清潔與維護(hù)

定期清潔PCR儀器,保持熒光檢測窗口的清潔,避免灰塵或污染影響熒光信號(hào)的準(zhǔn)確性。

7. 總結(jié)

QuantStudio 12K Flex實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀具有高度的靈活性和高通量能力,適合多種分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)的需求。通過合適的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、反應(yīng)體系優(yōu)化和數(shù)據(jù)分析,能夠獲得準(zhǔn)確、可靠的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。在使用時(shí),確保設(shè)備、試劑、樣品和程序設(shè)置的正確性,以獲得實(shí)驗(yàn)效果。


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